ב-1979, בתשובה לשאלה של חבר האגודה, הוא נענה ש"בעבר לא נקטה האגודה בצעדים כלשהם בנושא בעיות ההומוסכסואלים בארץ", וש"מן הראוי להתייחס לנושא בעתיד". מאז השתנו כמה דברים, והאגודה הפכה לאחד הארגונים המובילים בקידום זכויות להט"ב.
בעקבות עלייתה של מפלגת "כך" של הרב כהנא, שהטיפה לשלילת זכויות מהאזרחים הערבים על בסיס אידאולוגיה גזענית, התמודדה האגודה עם השאלה הקשה – עד כמה נכון להגן על חופש הביטוי ואיפה עובר הגבול.
אנחנו באגודה מאמינות שאם רוצים – אפשר לשנות, ושבכל מקום שבו יש אינטראקציה חינוכית אפשר להתחיל לבנות חברה סובלנית ודמוקרטית. הפעילות החינוכית של האגודה היום מבוססת ורחבת היקף, אבל ההתחלה לא היתה קלה.
ב-1985 פסלה המועצה לביקורת סרטים ומחזות את המחזה "אפרים חוזר לצבא", מחשש שהצגתו תעורר יחס שלילי כלפי המדינה וכלפי צה"ל. המחזאי, יצחק לאור, והאגודה עתרו לבג"ץ.
מדצמבר 1987, עשרות מתנדבים של עמותת "אור אדום" איישו לילה-לילה מוקד טלפוני וטיפלו בתלונות על אלימות של שוטרים. ביולי 1990 נתקלה "אור אדום" בקשיים ארגוניים ותקציביים, והחליטה להצטרף לאגודה.
מה שהתחיל באוגוסט 1991 כפרויקט קטן העוסק ב"זכויות המפגר" באגודה, התפתח מהר מאוד לארגון עצמאי. בשנים הבאות הפכה "בזכות" לארגון מוביל הפועל בהצלחה רבה לקידום זכויותיהם של אנשים עם מוגבלות.